Лаборатория была создана как отдельная группа под руководством ведущего научного сотрудника к.б.н. Чикобава М.Г.
Лаборатория берет своё начало от лаборатории иммунологии и онковирусологии, от которой и отделилась в 2006 г. Группа молекулярной биологиив данный момент включает 8 человек: главного научного сотрудника, 2-х старших и 3-х младших научных сотрудников, а также 2-х лаборантов-исследователей. Лаборатория создавалась с целью исследований с использованием новейших молекулярно-биологических методов в областях: разработки ПЦР тест-систем для детекции участков генов, вирусов и других ПБА в режиме реального времени,секвенирования, проведения филогенетического анализа с использованием молекулярно-биологических программ и т.п.
Задачи
В лаборатории проводится ряд исследований в области молекулярной диагностики и идентификации вирусных и бактериальных инфекций обезьян (патогенных биологических объектов – ПБА) в режиме ПЦР реального времени с использованием меченых ДНК-зондов. В связи с этим одной из основных целей научной деятельности лаборатории молекулярной биологии является разработка новых некоммерческих ПЦР тест-систем в режиме реального времени, и их внедрение в практическое использование, а так же патентование. Разработанные ПЦР тест системы в основном используются для детекции патогенных биологических объектов, к которым нет коммерческих тест-систем. Разрабатываются ПЦР тест системы и для определения точечных мутаций (SNP), в генах кодирующих определённые ферменты.
Сотрудники лаборатории проводят поиск полногеномных сиквенсов вирусов и бактерий в базе данных сиквенсов Genbank. Посредством компьютерных молекулярно-биологических программ проводят сравнительное выравнивание (alignment) сиквенсов, определяют процент гомологии, подбор праймеров и зондов к участкам определённых генов. Проводят секвенирование участков обнаруженныхвирусов и бактерий у лабораторных животных. В дальнейшем проводится филогенетический анализ с построением деревьев и анализ с использованием молекулярных часов, как одного из основных методов датирования филогенетических событий (расхождений видов или других таксонов) и т.п.
Таким образом, проводится изучение молекулярно-генетических свойств(посредством секвенирования и программного анализа с помощью молекулярно-биологических программ, а так же филогенетического анализа) штаммов ПБА (вирусы, бактерии и т.д.).
Направления
1) Сравнение методов выделения нуклеиновых кислот из различного биологического материала, изучение их эффективности с последующей разработкой новых методов, а так же модификация и усовершенствование существующих.
2) Разработка ПЦР тест систем электрофорезными и гибридизационно-флюоресцентными методами детекции для обнаружения ПБА.
3) Изучение механизмов вирусного канцерогенеза, а так же роли полиомавирусов в процессе малигнизации и онкогенной трансформации клеток.
4) Создание и усовершенствование трансляционной модели алкогольной зависимости у лабораторных макак резус.Оценка динамики потребления этанола у молодых половозрелых самцов макак резус (5-8 лет) для создания адекватной модели алкогольной зависимости
5) Изучение механизма алкогольной зависимости на молекулярно-генетическом уровне на модели обезьяни поискспособов фармакологической коррекции состояния.
6) Анализ молекулярно-генетических аспектов и гипотез механизма старения живых систем.
7) Проведение исследований в области определения некоторыхбиомаркеров (последовательностейДНК, которые связаны с восприимчивостью к онкозаболеваниям)
Темы

Выполнена плановая работа по темам:

  • Сравнительная характеристика количественной детекции ЦМВ у обезьян методом RealTime PCR в крови, соскобах из зева и в тканях слюнных желёз при разном физическом состоянии животных.
  • Изучение достоверности выявления последовательностей полиомавирусов методами RT-ПЦР и ПЦР с электрофорезной детекцией с использованием разных праймеров и зондов известных из литературы. Разработка праймеров к полиомавирусу SV40.
  • Разработка метода и поиск значимых молекулярно-генетических маркеров для диагностики солидных опухолей

В данный момент проводится работа по следующим плановым научным темам:

  • «Усовершенствование трансляционной модели алкогольной зависимости и оценка динамики потребления этанола у макак резус».
  • «Возникновение геномных и хромосомных аберраций в процессе старения приматов».
  • Совместная работа с лабораторией микробиологии:«Изучение генетической вариабельности микоплазм, выделенных у низших обезьян».
  • В 2015 году была начата инициативная научно-исследовательская работа в направлении изучения молекулярных механизмов старения. На начальном этапе работы проводится анализ гипотез механизма старения живых систем, что включает интегративный сбор информации по всем гипотезам старения, их анализ с последующим определением приоритетного направления исследований.
Результаты

Под руководством академика Лапина Б.А. и в.н.с. Чикобава М.Г. защищена кандидатская диссертация Агумава А.А. по специальности вирусология на тему «Характеристика цитомегаловируса у представителей отряда приматов» Диссертационная работа посвящена, разработке ПЦР тест-системы для выявления ЦМВ, мониторингу цитомегаловируса у обезьян Адлерского питомника и сотрудников Института Медицинской Приматологии, а так же филогенетическому анализу цитомегаловирусов (по генуUL56) выявленных в ПЦР у людей и разных видов обезьян. В работе изучались возможности межвидовой трансмиссии вируса

В результате проведенных в 2006-2016гг. исследований получены научные результаты, имеющие не только научное, но и практическое значение:

  • Разработаны RT-ПЦР тест системы для детекции вирусов: SV40, BKV, JCV, EMC, CMV
  • Сотрудниками лаборатории разработан эффективный, экспресс метод выделения НК из тканей заключённых в парафиновые блоки, исключающий использование толуола и других, канцерогенных и опасных для здоровья веществ.
  • На примере проведения детекции вирусов с низкой нагрузкой в крови методом RT-ПЦР установлено, что чувствительность метода зависит не только от качества пробоподготовки и эффективности экстракции нуклеиновых кислот, но так же в первую очередь от правильно подобранных концентраций реактивов, температурного режима амплификации, и в большей степени от качества, используемого в реакции фермента Taq-полимеразы.Установлено что скорость деградации ДНК в водном растворе изменяется по экспоненте со временем, а так же имеет положительную обратную связь с увеличением температуры раствора и повышением объёмной плотность световой энергии.
  • При плановом исследовании полиомавирусов выявлено, что в крови здоровых людей так же как и в крови людей с онкозаболеваниями вирусная нагрузка по SV40 чрезвычайно низкая (в среднем 1 вирусная копия на 5000 клеток), процент обнаружения вируса от 14 до 33%.Процент детекции SV40 в опухолях мозга довольно высокий от 8 до 50%, в сред-нем 30%, при низкой вирусной нагрузке (1 вирусная копия на 100 – 10000 клеток).
  • Создана трансляционная модель алкогольной зависимости у лабораторных макак резус.
Публикации
  • Агумава А.А. ФИЛОГЕНЕЗ ЦИТОМЕГАЛОВИРУСА В ОТРЯДЕ ПРИМАТОВ // Журнал "Наука Кубани"Всероссийская научная конференция «Перспективные направления использования приматов в медико-биологических исследованиях»
  • Чикобава М.Г*., Задорожный Д.В., АгумаваА.А. ВЫЯВЛЕНИЕ SV40 ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ В КРОВИ ЗДОРОВЫХ ЛЮДЕЙ // Журнал "Наука Кубани"Всероссийская научная конференция «Перспективные направления использования приматов в медико-биологических исследованиях»
  • Чикобава М.Г., Джикидзе Э.К., Задорожный Д.В., Кебу Т.И.,Аршба И.М., Калашникова В.А., Агумава А.А. Филогенетический анализ микоплазмы, выделенной от макаки яванской (М.fascicularis) // Молекулярная генетика, вирусология, микробиология, 2008. № 1, стр. 23 -26.
  • Агумава А. А., Чикобава М. Г., Лапин Б. А., Тонконоженко О.А. Лабораторная диагностика цитомегаловируса у людей и обезьян Адлерского питомника // бюлл. эксперим. биол. и медицины, 2010, т.149, №5, стр. 566-568.
  • Агумава А. А., Чикобава М. Г., Лапин Б. А. Разработка ПЦР тест-системы для диагностики вирусов подсемейства Betaherpesvirinae приматов // Молекулярная генетика, вирусология, микробиология, 2010, №3,  стр. 36-39.
  • Лапин Б.А., Чикобава М.Г., Кобяков Г.Л., Агумава А.А., Тонконоженко О.А. Последовательности обезьянегополиомавирусаSV40 в опухолях головного мозга человека // Материалы II науч. конф. 2011. С. 63-68.
  • Агумава А. А., Чикобава М. Г., Лапин Б. А., Тонконоженко О.А., Павловский А.Н. Филогенетический анализ цитомегаловирусов выделенных от людей и разных видов приматов // Вопросы вирусологии, 2011, №3 стр.
  • Тонконоженко О.А., Чикобава М.Г., Улитина Н.Н., Хаблюк В.В., Агумава А.А., Естегнеева И.В. Частота выявления герпесвирусных инфекций у детей с отоларингологическими заболеваниями // Материалы IIмеждунар. науч. конф. 2012. С.75-79.
  • Тонконоженко О.А., Улитина Н.Н., Агумава А.А., Хаблюк В.В. Изучение распространенности цитомегаловирусной инфекции у низших обезьян старого света // Медицинский академический журнал. 2012. С. 346- 348.
  • Агумава А.А., Аршба И.М., Тонконоженко О.А. Возможная ассоциация цитомегаловирусной инфекции с бактериальными урогенитальными инфекциями // Материалы междурун. конф. 2013. С.108.
  • О.А.Шамсутдинова, А.А.Агумава, М.Г.Чикобава, О.И.Вышемирский Изучение возможной роли цитомегаловирусной инфекции в мертворождении и ранней неонатальной смертности детенышей Адлерского питомника // БЮЛЛЕТЕНЬ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ БИОЛОГИИ И МЕДИЦИНЫ // 2015 г., Том 160, № 7 , c.101-103

Публикации Шмалий А.В.:

  • Маренин В.Ю., Гончарова Н.Д., Шмалий А.В., Венгерин А.А. Активность эритроцитарной глутатионредуктазы у самок макак резусов разного возраста с разного возраста с разным типом поведения // Материалы второй международной научной конференции. «Фундаментальные и прикладные аспекты медицинской приматологии», Том 2. (8-10 августа 2011 года, Сочи-Адлер). – 2011. - С. 157-166.
  • Гончарова Н. Д., Маренин В. Ю., Венгерин А. А., Шмалий А.В. Возрастные нарушения надежности антиоксидантной ферментной защиты ассоциированы с особенностями адаптивного поведения приматов // Обзоры по клинической фармакологии и лекарственной терапии. – 2012. – Т. 10, № 2, С 20 - 27.
  • Онищук Ф.Д., Шмалий А.В. Физиология кровообращения. Учебно-методическое пособие // Сочинский институт Российского Университета Дружбы Народов, 2011. – 40 с.
  • Шмалий А.В. Багринцева С.А. Методические рекомендации по написанию выпускных квалификационных работ для студентов естественнонаучных направлений // Сочинский институт Российского Университета Дружбы Народов, 2015. – 31 с.
  • Шмалий А.В., Павлова Л.Е., Цорин И.Б., Колик Л.Г., Лапин Б.А. Лабораторные приматы - объект для создания трансляционной модели алкоголизма // Материалы шестой Международной конференции «биологические основы индивидуальной чувствительности к психотропным средствам», (9-13 ноября 2015 года Москва-Клязма). 2015. - 65.




Готовятся к печати статьи:

  • Характеристика алкогольного поведения cамцовмакаков резусов при изолированном содержании.
  • Идентификация и филогенетический анализ изолятаменгоподобного вируса, выделенного от погибшей обезьяны адлерского питомника
  • Разработка ПЦР тест-системы реального времени для определения вирусов
  • группы энцефаломиокардита (род Cardiovirus).
  • Разработка RT-ПЦР тест системы для детекции полиомавируса SV40
  • Определение вирусной нагрузки полиомавируса SV40 в крови здоровых людей
  • Детекция полиомавируса SV40 в тканях мезотелиом и опухолей головного мозга.
Патенты
  • Патентование структуры праймеров и зонда разработанной тест системы реального времени для детекции вирусов группы энцефаломиокардита.
  • Патентование метода экстракции нуклеиновых кислот из тканей заключённых в парафиновые блоки
  • Патентование комбинированной nested&realtimeПЦР для детекции полиомавируса SV40

Агумава Аслан Анзорович

Старший научный сотрудник
Tel.: +7(862)243-20-28

mail@primatologia.ru

Шмалий Алла Вячеславовна

Старший научный сотрудник
Tel.: +7(862)243-20-28
mail@primatologia.ru
/